În muzeu pot fi admirate câteva colecții, printre care Colecția de Homeopatie este foarte bogat reprezentată. Aceasta ilustrează tradiția terapiei homeopate la Sibiu. Nu întâmplător, fondatorul acestei doctrine terapeutice, un anume Samuel Hahnemann, a trăit și lucrat în Sibiu, în perioada 1777-1779, ca medic și secretar al baronului Samuel von
Brukenthal – guvernatorul Marelui Principat al Transilvaniei.

Colecția de Homeopatie a Muzeului de Istorie a Farmaciei cuprinde astăzi peste 2900 de piese, constând în flacoane cu preparate homeopate, acestea fiind preluate de la vechea farmacie sibiană, La Înger.

Laboratorul, una din zonele cele mai interesante ale muzeului, adăpostește
numeroase piese cu specific farmaceutic – balanțe medicale, mașini de zdrobit și pulverizat, mojare din bronz, fontă și marmură, recipiente din material ceramic și metalic, filtre și sticlărie de laborator, piese pentru tablete și supozitoare, site, percolatoare pentru obținerea tincturilor din plante medicinale, creuzete, mensuri
din cositor ș.a.

Oficina reprezintă o componentă tradițională a unei farmacii și îndeplinește funcția de prezentare a produselor medicamentoase. Mobilierul încăperii a aparținut fostei farmacii sibiene La Vulturul
Negru și se remarcă prin aceea că a fost executat la Viena în anul 1902.