Muzeul de Istorie Naturală din Sibiu este o secțiune a Muzeului Național Brukenthal și a fost înființat la mijlocul secolului al XIX -lea, în anul 1849. În același an se înființa Societatea Ardeleană de Științe Naturale, de către un grup de oameni pasionați de acest domeniu. Scopul lor era acela de a prezenta publicului o serie de colecții, precum și acela de a educa populație cu privire la acest sector.
Odată cu înființarea unei instituții care să le adăpostească, Societatea a început să strângă câteva colecții care să se înscrie în domeniu, cum ar fi ierbarul J. Lerchenfeld (ce includea 1.811 piese) și ierbarul M. Fuss (alcătuit între 1834-1882, cu aproape 29.000 piese).
Ulterior, patrimoniul muzeului s-a îmbogățit cu 528 păsări indigene și 145 exotice, ce făceau parte din colecția ornitologică F.W. Stetter. Apoi, muzeul a beneficiat și de colecția etnografică din Etiopia, Sudan, Palestina și Egipt a exploratorului sas Franz Binder. Acesta a călătorit în aceste zone între anii 1860 -1861, iar la întoarcere, a donat Muzeului de Istorie naturală din Sibiu în jur de 500 de obiecte de mare valoare culturală. Acestea includ animale împăiate, roci, plante și numeroase alte obiecte etnografice. Aceasta este cea mai veche colecție din lume ce provine din regiunea Nilului Alb care se cunoaște în prezent.
Pe măsură ce patrimoniul muzeului a crescut și a adunat din ce în mai multe colecții, s-a născut și nevoia construirii unei clădiri mai mari, care să le poată adăposti pe toate. Locul ales a fost parcul fostului Teatru al orașului, pe strada Cetății. Pentru acest scop s-au strâns donații și finanțări din diverse surse, cum ar fi societăți științifice sau bancare, precum și instituții politice. Lucrările au fost demarate în anul 1894 și terminate un an mai târziu. Clădirea ce include 3 nivele a fost renovată în perioada 2006 -2008.
