În anul 1688, odată cu îndepărtarea influențelor otomane de către Imperiul Habsburgic și integrarea Transilvaniei în teritoriile ocupate acesta, locul luteranilor este luat de iezuiți, iar fosta mănăstire dominicană este preluată
de călugărițele ursuline (ordin bisericesc catolic, derivat de la numele Sfintei Ursula, întemeiat de Angela de Merici, cu intenția de a susține dezvoltarea educației și sprijinirea persoanelor sărace sau bolnave) sosite de la
Pojon, Bratislava din ziua de astăzi. Acestea au preluat și renovat biserica în stil baroc în anul 1728 și au transformat vechea mănăstire într-o școală de fete.

De-a lungul timpului, Biserica Ursulinelor a fost supusă mai multor lucrări de renovare, dintre care cea din anul 1774 a fost susținută de Maria Tereza, conducătoare a Țărilor Ereditare Austriece între anii 1740-1780.

Din anul 1992, Biserica Ursulinelor găzduiește parohia greco-catolică
din Sibiu, deoarece aceasta a rămas fără biserică, după ce Biserica
„Sf. Apostoli Petru și Pavel” a fost preluată de către o parohie ortodoxă,
în anul 1948. În prezent, Biserica Ursulinelor este împărțită între
comunitatea romano-catolică și greco-catolică din Sibiu.

Biserica are trei altare construite relativ recent:

Altarul principal, în care se remarcă o icoană ce are ca temă încoronarea Maicii Domnului;

Altarul lateral, aflat în partea dreaptă conține o pictură centrală, ce prezintă viziunea Sfintei Angela de Merici, în care i se arată Sfânta Ursula. În partea superioară a altarului se află icoana Sfântului Emeric.

Altarul lateral din partea stângă o înfățișează în pictura centrală pe fondatoarea ordinului maicilor ursuline, sfânta Angela de Merici, instruind copii. În partea superioară a altarului poate fi admirată icoana regelui Ștefan cel Sfânt.